Foragido da justiça, empresário no ramo de comunicação e réu em vários processos criminais, Mário Calixto Filho está preso na Penitenciária Federal, localizada a 45 quilômetros da capital do estado, à margem da BR 364, sentido Porto Velho-Rio Branco. O juiz federal responsável pela decisão de colocar Calixto em uma das celas do Presídio de Segurança Máxima deixou claro em sua decisão que o preso "ostenta personalidade voltada à prática reiteradas de crime, gerando riscos à segurança pública, com indicativos seguros de que ele desempenha papel relevante em organização criminosa".
A pedido do Ministério Público Federal, o juiz federal da 3ª Vara da Seção Judiciária do Estado de Rondônia e Corregedor da Penitenciária Federal de Porto Velho, Walisson Gonçalves Cunha, responsável pela decretação da prisão preventiva de Mário Calixto Filho nos processos 4480-26.2010.4.01.4100, 15903-46.2011.4.01.4100, 11676-71.2015.4.01.4100 e 6636-45.201.4.01.4100, admitiu a inclusão do preso no Sistema Penitenciário Federal.
A decisão, que foi baseada na Lei 11.671/2008, apontou como fundamentos para a inclusão no Sistema Penitenciário Federal as seguintes situações: a) existência de investigação em curso para apurar o envolvimento do preso, na condição de líder, em organização criminosa; b) possibilidade de outra fuga, tendo em vista que já houve duas fugas empreendidas por ele, nos anos de 2012 e 2013, e ainda há o fato de que ele detém a condição de refugiado na Bolívia, o que facilitaria mais uma fuga; c) nas suas duas recapturas, o preso apresentou documentos falsos, o que demonstra a sua persistência no mundo do crime.
Também foi salientado, na decisão do magistrado, as informações apresentadas em juízos pelos filhos e sobrinho de Mário Calixto Filho no sentido de que o preso já os ameaçaram diversas vezes. O juiz esclareceu, ainda, em sua decisão, que o preso "ostenta personalidade voltada à prática reiteradas de crime, gerando riscos à segurança pública, com indicativos seguros de que ele desempenha papel relevante em organização criminosa, bem como está envolvido em incidentes de fuga" - com risco manifesto de escapar de maneira furtiva mais uma vez.